Medicinska je informatika povezana s počecima primjene elektroničkih računala u medicini. To su pedesete godine 20. stoljeća kada su se pojavila prva komercijalna elektronička računala te počela upotrebljavati u različitim područjima znanosti i gospodarstva. Lee B. Lusted i Robert S. Ledley  1959. godine postavljaju temelje medicinsko – informatičkog područja nakon što su objavili članak u časopisu Science pod nazivom "Prosudbene osnove medicinske dijagnoze" u kojem su predložili matematičke metode i primjenu elektroničkog računala kao pomoć liječniku u postavljanju dijagnoze i izboru terapije. Prve primjene računala bile su pretežno u područjima obrade podataka u medicinskim službama te pohrani,  pretraživanju i pronalaženju medicinske literature. 1962. godine u Massachusetts General Hospital (MGH) pod vodstvom liječnika G. Octoa Barnetta pokrenuto je projektiranje čiji je razultat bilo jedno od prvih pokazivanja potencijalne snage daljinskog pristupa u izravnom pristupu (on – line) bazi podataka u stvarnome vremenu. Zahvaljujući tome, razvio se medicinski informacijski sustav tzv. MGH. Nedugo nakon toga (1965. – 1966.) u Barnettovu je laboratoriju razvijen MUMPS (Multi-User Multi-Programming System), programski jezik posebno razvijen za medicinske primjene. Među prvim sustavima za vođenje povijesti bolesti koji su naišli na širu primjenu navode se COSTAR (Computer Stored Ambulatory Record) i TMR (The Medical Record). COSTAR je uveden 1968. godine i u početku je trebao omogućiti vođenje medicinske dokumetacije u okviru zdravstvenog osiguranja na Harvardu, ali se poslije proširio na druge ambulantne djelatnosti. TMR je uveden 1975. godine, a prvi je od sustava za računalne povijesti bolesti imao za cilj zamijeniti povijest bolesti na papiru njezinim elektroničkim oblikom. Za razvoj zdravstvenih informacijskih sustava bila je bitna pojava elektroničkih računala koja su raspolagala mrežama terminala. Povećanje procesne moći računala omogućilo je širenje njihove primjene u dijagnostičkim metodama. Vrlo je važna bila izrada prvog uređaja za računalnu tomografiju (computer tomography scanner). Razvoj računalne tomografije, kao neinvazivne metode za promatranje unutrašnjosti živog čovjeka, bio je revolucionaran korak u medicini. Za razvoj medicinske informatike u posljednjim dvama desetljećima 20. stoljeća bio je vrlo važan razvoj informacijskih i komunikacijskih tehnologija (information and communication technologies, ICT), među kojima osobito mjesto ima izum mikroprocesorske tehnologije i pojava malih stolnih i prijenosnih računala velike procesne moći i kapaciteta za pohranu podataka. Među prve primjene interneta u medicini spada pretraživanje baze podataka te rad raspravljačkih skupina o aktualnim medicinskih problemima. Internet je izazvao novu informacijsku revoluciju u medicini jer se informacije o zdravlju postale dostupne javnosti. Razvojem i globalnim širanjem ICT-a pojavila su se nova područja medicine: telemedicina (medicinski postupak koji se obavlja na daljnu pomoću ICT-a, dakle interneta) i kibermedicina (bavi se primjenom interneta i ICT-a u medicini i javnom zdravstvu, proučavanjem utjecaja i posljedica interneta te vrednovanja njegovih mogućnosti u zdravstvenoj zaštiti).